正常情况下，每升水放入10~50mg高锰酸钾，即可用于鱼种浸泡消毒。浸泡时间一般为15分钟左右。
高锰酸钾在水产养殖中，最常见的是用于鱼苗鱼种投放时，对鱼苗鱼种进行浸泡消毒。使用时一般将高锰酸钾兑水，制成高锰酸钾溶液，然后将鱼苗鱼种放入其中浸泡即可。由于其药理作用较强，所以其使用量较小。