1、本质不同。甜酒曲为糖化菌及酵母制剂，其所含的微生物主要有根霉、毛霉及少量酵母。
2、发酵过程不同。甜酒曲，在发酵过程中糖化菌首先将糯米中的淀粉分解成葡萄糖，蛋白质分解成氨基酸，接着少量的酵母又将葡糖糖经糖酵解途径转化成酒精。这样就制成了香甜可口、营养丰富的甜酒酿。水果酒曲里面的糖化酶会把水果里面的糖分充分利用，最大程度提高酒的口感，产量。
3、用途不同。甜酒曲主要用于制作甜酒酿，在甜酒酿制作过程中，甜酒曲为主要的发酵制剂。果酒曲主要用于制作甜酒。
红酒曲和甜酒曲的区别
1、甜酒曲主要用于制作甜酒酿，在甜酒酿制作过程中，甜酒曲是主要的发酵制剂。甜酒曲是糖化菌及酵母制剂，其所含的微生物主要有根霉、毛霉及少量酵母。
2、红酒曲，是以无色烈酒、白兰地、琴酒或其它蒸馏烈酒与水果、花卉、植物或这些原料所榨的纯净液汁及其他天然料混合之后再蒸馏而成。过滤、浸化是甜酒制造上最重要的手法，而蒸馏则是必要的过程。