在环境行政执法中，处罚通常包括罚款、责令停产整治、行政拘留等措施。如果企业在被处罚后主动采取措施进行整改并取得了明显的效果，可以与环保部门积极沟通，提出免于罚款的申请。具体操作步骤如下：
立即停止违法行为：一旦发现环境问题，企业应立即停止违法行为，避免继续扩大环境影响。
主动整改环境问题：企业应当主动采取措施进行环境问题的整改，确保问题得到解决。可以邀请第三方专业机构进行环境治理，确保整改效果符合相关法规要求。
主动联系环保部门：企业可以主动与当地环保部门联系，说明整改情况并提出免于罚款的申请。需要提供详细的整改资料和证据，让环保部门了解企业的诚意和努力。
接受环保部门评估：环保部门可能会安排人员对企业的整改情况进行评估，企业需要配合并提供必要的支持和资料。评估结果将是是否免于罚款的重要依据。
签订整改协议：如果环保部门认可企业的整改成果，双方可以签订整改协议，确认企业免于罚款。协议中会明确企业需要遵守的规定和监督措施。
需要注意的是，免于罚款并不是一定会成功的，要根据企业的具体情况和整改效果来决定。此外，企业在整改过程中应当保持诚信，积极配合环保部门的工作，才能增加获得免罚的机会。
例如，某家化工企业因为废水处理不当被环保部门处以罚款，企业经过加大投入，引进先进技术，改善了废水处理效果，并主动向环保部门申请免于罚款。经过评估，环保部门确认企业的整改效果显著，最终同意免除罚款。